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Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer. Infoteca-e
NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G..
O software Sting é um software voltado para a Bioinformática e, d eforma geral, faz análise de estrutura de proteínas e mostra de forma especializada qualquer proteína cuja estrutura está em arquivos .pdf, que contém dados sobre proteínas, podendo ser acessados em Research Collaboratory for Structural Bionformatics.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Co-evolução; Aminoácidos; Marcelo Gonçalves Narciso.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/3005
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Cálculo analítico de parâmetros estruturais de proteínas usando a teoria Alpha Shapes. Infoteca-e
BEZERRA, G. B. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; NARCISO, M. G.; FALCÃO, P. R. K..
bitstream/CNPTIA/11660/1/bp17.pdf
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Geometria computacional; Triangulação de Delaunay; Teoria Alpha Shapes; Estrutura de proteína.
Ano: 2007 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1327
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Guia de instalação do Ganglia. Infoteca-e
VIEIRA, F. D..
Ganglia Monitoring Daemon (gmond). Ganglia Meta Daemon (gmetad). Ganglia PHP Web Front-end. Instalação. Regras de Firewall. Configuração de um cluster. Multicast. Unicast. Configuração de múltiplos clusters.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Computação em nuvem; Cluster; Sistemas distribuídos.
Ano: 2012 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/952842
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Manual de uso do Sistema BDGF. Infoteca-e
VIEIRA, F. D..
Neste documento apresentamos um manual de uso das principais funcionalidades do sistema BDGF, seja para usuários atuais ou para pessoas interessadas em como trabalhar com esse software web para armazenamento e recuperação de dados fenotípicos e genotípicos de animais.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos; Sistema BDGF; Genótipo; Fenótipo; Melhoramento Animal; Genotype; Phenotype; Computer software.
Ano: 2019 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1115483
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Manual do Sistema Bife de Qualidade: verão 1.0. Infoteca-e
VIEIRA, F. D..
O presente trabalho foi elaborado a fim de que os usuários que utilizam o Sistema Bife de Qualidade pudessem consultar um manual de uso das ferramentas do sistema sempre que tivessem dúvidas em relação ao uso do mesmo. A vantagem de um manual de uso é que se consegue explicitar as principais funcionalidades do sistema sem exibir, no entanto, um texto abrangente e cansativo de ser lido. As diversas informações obtidas durante o desenvolvimento do sistema, tais como as coletadas em entrevistas com os principais usuários do sistema, foram consideradas na elaboração deste trabalho. Sendo assim, o objetivo do manual é reunir, de forma clara e objetiva, todas as funcionalidades fornecidas pelo Sistema Bife de Qualidade, de tal modo que os usuários possam...
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Sistema Bife de Qaulidade; Manual de uso; Linguagem JAVA; Bioinformática.; Tecnologia da informação..
Ano: 2008 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/31861
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Projeções de superfície 3D no plano para análise de interfaces proteicas através do Sting. Infoteca-e
GONÇALVES, M; N.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G..
Análise, de forma visual, de como algumas grandezas físico-químico estão presentes na interface proteica. A proteína é mostrada em 3 dimensões(3D). Cada região da cadeia proteic é colorida com uma cor diferente, representando a variaçao de características físico-químicas na cadeia
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Superfície 3D; Interface proteicas através do Sting.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/3012
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Rotâmeros raros no Java Protein Dossier. Infoteca-e
YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; OLIVEIRA, S. R. de M.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; MAZONI, I.; VIEIRA, F. D.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
O objetivo do STING é oferecer uma plataforma para análise e visualização de estruturas proteicas.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Java Protein Dossier.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/3002
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Shells do Unix: tutorial. Infoteca-e
VIEIRA, F. D..
bitstream/item/17759/1/cnptiadoc99.pdf
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Unix; Sistema operacional; Programação.
Ano: 2009 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/662765
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Testes automatizados no sistema BDGF com Arquillian e Junit. Infoteca-e
VIEIRA, F. D..
Durante o desenvolvimento do sistema Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos (BDGF), que é um sistema desenvolvido com recursos do Java EE, optou-se por utilizar o Arquillian em conjunto com o JUnit para criação do ambiente de testes automatizados. Neste documento, será mostrado como configurar os arquivos necessários para execução desses frameworks e também como criar um arquivo de testes numa classe de negócio nesse ambiente
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Java EE; Teste de interface; Servidor de aplicação; Java Server Faces.; Selenium..
Ano: 2017 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1082036
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Tutorial do comando Awk. Infoteca-e
VIEIRA, F. D..
Mesmo que o Windows ainda seja, disparado, o sistema operacional mais utilizado e conhecido pelas pessoas no mundo todo, o Linux vem se difundindo cada vez mais em diversos nichos da população, sejam profissionais de informática ou não. Uma das grandes vantagens do Linux sobre seu concorrente é a diversidade de comandos que seu terminal shell (interface de linha de comando) possui, o que se tornou uma característica forte deste sistema operacional. O awk é um desses comandos que faz o terminal shell do Linux ser a marca forte desse sistema. É um comando tão importante e com tantas funcionalidades que muitos o confundem com uma linguagem de programação. O presente trabalho procura fazer uma pequena introdução sobre as principais possibilidades de utilização...
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Comando Awk; Programação; Scripts; Shell do Linux; Computer science.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/883046
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Uma metodologia para seleção de parâmetros em modelos de classificação de proteínas. Infoteca-e
OLIVEIRA, S. R. de M.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; FALCÃO, P. R. K.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G..
Os principais desafios relacionados ao problema de classificação de enzimas em banco de dados de estruturas de proteínas são: 1) o ruído presente nos dados; 2) o grande número de variáveis; 3) o número não-balanceado de membros por classe. Para abordar esses desafios, apresenta-se uma metodologia para seleção de parâmetros, que combina recursos de matemática (ex: Transformada Discreta do Cosseno) e da estatística (ex:.g., correlação de variáveis e amostragem com reposição). A metodologia foi validada considerando-se os três principais métodos de classificação da literatura, a saber; árvore de decisão, classificação Bayesiana e redes neurais. Os experimentos demonstram que essa metodologia é simples, eficiente e alcança resultados semelhantes àqueles...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Classificação de proteínas; Mineração de dados.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/2836
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Utilizando o aplicativo Plink pelo Sistema Bife de Qualidade. Infoteca-e
VIEIRA, F. D..
Descrição das ferramentas usadas para construir o sistema. Dicas básicas sobre o funcionamento do Plink. Como o sistema Bife de Qualidade interage com o Plink.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Aplicativo Plink; Dados genotípicos; SGDG; Sistema Web; Software Plink.; Análise de Dados; Controle de Qualidade.; Quality control..
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/885610
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Utilizando o formato JSON para armazenar dados do sistema BDGF no PostgreSQL. Infoteca-e
VIEIRA, F. D..
Neste documento, será apresentada uma contribuição da Embrapa Informática Agropecuária quanto ao uso do tipo de dados JSON no PostgreSQL, sua integração com a linguagem Java e um pequeno tutorial mostrando como trabalhar com o tipo JSON no PostgreSQL.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Marcadores moleculares; Diagrama entidade-relacionamento; NoSQL; MongoDB; Java; Sistema Banco de Dados de Genótipos e Fenótipos; Genetic markers; Genotype; Phenotype.
Ano: 2016 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1065251
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Utilizando o Rsync para atualizar os bancos de dados do Sting Millennium Suite. Infoteca-e
VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos.
Entendendo o Rsync. Usando o Rsync em modo servidor. Usando o Rsync com protocolo Shell de conexão remota.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Rsync; Bases de dados.
Ano: 2007 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/166
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Utilizando Selenium para construir testes automatizados no sistema Banco de Dados de Pedigree, Fenótipos e Genótipos. Infoteca-e
VIEIRA, F. D..
Nesse documento, será mostrado, de forma sucinta, como foram implementados os testes Selenium no sistema BDPFG.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Automzação de testes; Sistema web; Sistema BDPFG; Framework Selenium.
Ano: 2020 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1127939
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Utilizando técnicas preditivas que combinam modelagem e seleção de atributos. Infoteca-e
VIEIRA, F. D.; OLIVEIRA, S. R. de M..
Percebe-se nos últimos anos, devido principalmente ao grande avanço da área de tecnologia de informação, que um enorme volume de dados cresce de forma acelerada em diversos campos de conhecimento, o que dificulta sua interpretação, pois o volume destes dados é maior que o poder de interpretá-los.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Mineração de dados; Boosting; Lasso; Random forest; Algorithms; Models.
Ano: 2015 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1033086
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